Misi menggambarkan tugas pokok dan fungsi dari Program Studi Agroindustri dalam penyelenggaraan pendidikan di lingkungan Politeknik Negeri Ketapang, yaitu:
1. Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan vokasi di bidang agroindustri yang mampu memenuhi tuntutan masyarakat dan industri pengguna jasa pendidikan tinggi yang relevan dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.
2. Menyelenggarakan dan memfasilitasi penelitian terapan dan pengabdian kepada masyarakat di bidang agroindustri yang ramah lingkungan dan berkesinambungan serta bermanfaat bagi masyarakat pengguna jasa pendidikan tinggi.
3. Menyelenggarakan sistem pengelolaan pendidikan vokasi di bidang agroindustri yang profesional, akuntabilitas, inovatif dan berdaya saing.
4. Menjalin dan mengembangkan kerjasama dengan berbagai lembaga/institusi di tingkat lokal, nasional maupun internasional.
5. Membentuk insan cendikia terampil di bidang agroindustri yang berkualitas, berjiwa wirausaha, mandiri, berwawasan lingkungan dan menguasai teknologi informasi yang mampu bersaing di dunia kerja dan usaha serta menjunjung tinggi nilai-nilai etika dan akhlak yang baik.